مجلة أجسر – مجلة عربية محكمة في مجال العلوم – زورو موقعنا

NULL

هل الواسم الجزيئي RAPD عشوائي؟

الكاتب

الكاتب : د. محمد الخرشي

قسم الوراثة – كلية الزراعة – جامعة أسيوط

الوقت

08:26 مساءً

تاريخ النشر

05, أبريل 2016

هذه المقالة تناقش أحد التقنيات المستخدمة بتوسع في مجال البيولوجيا الجزيئية، وأقصد تقنية تعاظم المادة الوراثة متعددة المظاهر عشوائياً أو ما يعرف بالـ RAPD (Random amplified polymorphic DNA) والتي خرجت الى النور عام 1990 من الباحث الأمريكي جون ويليامز وفريقه البحثي. وفي هذه المقالة سأركز على كلمة عشوائي. لماذا توصف هذه التقنية بالعشوائية؟

لكي نجيب على هذا السؤال يجب أن نقدم فكرة بسيطة عن كيفية عمل هذه التقنية. ففي البداية يتم تصميم بادئ أحادي قصير مكون من عشرة نيوكليوتيدات تقريباً دون الأخذ في الاعتبار أي تتابع معين (لأنه بادئ غير متخصص). ثم يتم إجراء تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) ونواتج التفاعل يتم فصلها كهربائياً على جل أجاروز وتُحدد نسبة تعدد الأشكال والعلاقات بين العينات المختبرة بناء على شكل وعدد الحزم الناتجة. والسؤال: ما هو الجزء المتهم بالعشوائية؟ والإجابة: البادئ.

فهل فعلاً يتم تصميم البادئ عشوائياً؟ والاجابة القاطعة (لا). لأنه عند تصميم أي بادئ يجب مراعاة عدة نقاط ومنها أن يكون نسبة قواعد الجوانين والسيتوسين (GC%) لا تقل عن 40% كما أشير لذلك في الورقة البحثية، كما يجب تفادي تكون التكوينات الثانوية (Secondary structures) مثل الـ Hair pin أوأن ترتبط جزيئات البادئ ببعضها البعض Self-annealing. كما يُفضل أيضاً أن تكون النهاية من الطرف 3` تنتهي بجوانين أو سيتوزين لزيادة ثبات تكامل القواعد النيتروجينية Base complementation. ومن له الخبرة في تصميم البادئات سيعلم تماماً ما أقصده من النقاط الواجب مراعاتها عند تصميم أي بادئ.

إذاً هناك معايير يجب مراعاتها والأمر ليس إعتباطياً. والسؤال الثاني: أين سيرتبط البادئ، وهل سيرتبط بأي تتابع (عشوائياً) في المادة الوراثية القالب (Template DNA)؟ بالطبع لا. بل سيرتبط بالتتابع المكمل له فقط. فإذا كان تتابع البادئ مثلاً هو (5`-AGGCTAGTAG-3`) فإن التتابع المكمل له هو (TCCGATCATC). ولكن كم عدد مرات الارتباط؟ لا ندري. وكم عدد الحزم الناتجة من التفاعل؟ لا ندري. وفي أي مناطق من الجينوم يتواجد هذا التتابع المكمل للبادئ؟ لا ندري. فكل هذه الأمور مجهولة تماماً لنا، لأن البادئ غير مخصص لمضاعفة منطقة بعينها، فعدم المعرفة لا يعني العشوائية.

وفي النهاية، فإن تصميم واختيار تتابعات البادئات الخاصة بالـ RAPD لا تتم عشوائياً. وأيضاً إرتباط البادئ ومضاعفته لمناطق معينه من الجينوم لا يتم عشوائياً. فلماذا توصف هذه التقنية بالعشوائية؟؟.  كانت تسمية هذا الواسم بهذا الاسم مقترحاً في ملخص البحث من مؤلفي الورقة البحثية آن ذاك ولكن بناء على المعلومات العلمية التي تم سردها في هذه المقالة أقترح تغيير إسم هذا الواسم أو على الأقل تغيير فهم طبيعة عمله من قبل المشتغلين في مجال البيولوجيا الجزيئية.

 

بريد الكاتب الالكتروني: mkhirshy@aun.edu.eg

الزوار الكرام: يسعدنا مشاركتكم وتواصلكم حول هذا المقال

ترخيص عام

الموقع قائم على مبدأ الترخيص العام للجمهور في حرية النسخ والنقل والاقتباس من جميع المحتويات والنشرات والكتب والمقالات، دون مقابل وبشكل مجاني أبدي، شريطة أن يكون العمل المستفيد من النسخ أو النقل أو الاقتباس متاحا بترخيص مجاني وبذات شروط هذا الموقع، وأن تتم الاشارة إلى منشورنا وفق الأصول العلمية، ذكرا للكاتب والعنوان والموقع والتاريخ.

هذا والموقع يساعد المؤلف على نشر إنتاجه بلا مقابل من منفعة معنوية أو مادية، شريطة أن يكون العمل متوفراً للنسخ أو النقل أو الاقتباس للجمهور بشكل مجاني. ثم إن التكاليف التي يتكبدها الموقع والعاملون عليه تأتي من مساعدات ومعونات يقبلها الموقع ما لم تكن مرتبطة بأي شرط مقابل تلك المعونات.

license
0 التعليقات
Inline Feedbacks
View all comments
guest

شبكاتنا الاجتماعية

  • facebok
  • twitter
  • Instagram
  • Telegram
  • Youtube
  • Sound Cloud

يسعدنا أن تشاركونا أرائكم وتعليقاتكم حول هذهِ المقالة عبر التعليقات المباشرة بالأسفل أو عبر وسائل التواصل الإجتماعي الخاصة بالمنظمة

icons
0
Would love your thoughts, please comment.x
()
x